WOJSKOWY KLUB SPORTOWY WĘDRZYN powstał w 2002 roku i nosił nazwę Znicz Trzemeszno II Wędrzyn, tworząc jednocześnie drugą drużynę Znicza Trzemeszno. Dopiero w 2006r. Ireneusz DRUZGAŁA i Daniel MYŚLIŃSKI w porozumieniu z kierownikiem Klubu Garnizonowego w Wędrzynie p. Anną DRUZGAŁA wpadli na pomysł odłączenia drużyny od Znicza. Po akceptacji tego projektu przez zawodników oraz prezesa drużyny z Trzemeszna p. Andrzeja GELDNERA wspólnymi siłami zapoczątkowano starania o zmianę nazwy. Wybrano nowy zarząd, uchwalono nowy statut i w ten sposób niemożliwe stało się możliwe. Wojskowy Klub Sportowy stał się sekcją piłki nożnej działającą przy Klubie Garnizonowym w Wędrzynie. Pierwszym prezesem WKS został Andrzej Geldner, a pierwszym trenerem Daniel Myśliński.